Jean-François Zygel est né le 23 novembre 1960 à Paris. Il entre en 1978 au conservatoire de Paris. Jean-François Zygel se passionne très vite pour l'improvisation. Il joue pour le théâtre, la danse et ... pendant des séances de cinéma muet ! Il intègre l'orchestre philharmonique de Radio France comme pianiste tout en se consacrant à la musique contemporaine et à l'improvisation.
Le public le découvre en 1997 avec des leçons de musique qu'il donne dans le XXème arrondissement de Paris. A chaque leçon, Jean-François Zygel décortique une oeuvre pour la rendre accessible aux plus jeunes. Un demi siècle auparavant, un certain Leonard Bernstein avait fait de même avec les Young People Concerts.
Devant le succès grandissant de la formule, les leçons sont publiées en DVD chez Naïve. Il obtient une Victoire de la musique classique en 2006, fruit de 10 ans de travail. L'année suivante, La leçon de musique est donnée au théâtre du Chatelet. Devant le succès populaire de La boîte à musique, deux déclinaisons sont apportées : Les clefs de l'orchestre, avec l'orchestre philharmonique de Radio France, pour découvrir les oeuvres symphoniques et l'orchestre en lui-même, et une déclinaison en télévision, La boîte à musique. Là, Jean-François Zygel invite des stars du classique et de la variété. L'aspect pédagogique est toujours au coeur de l'émission.
En 2004, il donne ses « leçons de musique » sur France Musique. De 2006 à 2009, il anime l'émission Cabaret Classique, toujours chez France Musique. En dehors de cette activité de « monsieur musique classique », Jean-François Zygel compose et joue. Imprégné d'improvisation depuis son plus jeune âge, c'est tout naturellement dans cette voie qu'il s'oriente pour son premier album de musique contemporaine, Improvisation. Cet album est sorti en 2008 pour le centenaire de la musique de film. Tout un symbole.
Après avoir participé à la composition des Chants juifs de Sonia Wieder-Atherton, il sort en 2011 chez Naïve son second album, Double Messieurs avec Antoine Hervé.