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D'ascendance créole, Ferdinand Joseph Lamothe voit le jour le 20 octobre 1890 à La Nouvelle-Orléans, en Louisiane (États-Unis) et grandit dans un quartier pauvre. Pianiste depuis l'âge de quatorze ans, il admire le jeu de Tony Jackson (1882-1921) et joue dans une maison close, faisant croire à sa grand-mère qui l'élève avoir trouvé un travail de nuit.
Il prend alors le nom de son beau-père, Morton, qu'il anglicise et associe à son surnom « Jelly Roll » (« gâteau roulé »). En 1904, le pianiste effectue sa première tournée en Amérique du Sud au sein d'une troupe de vaudeville et joue ses premières compositions « Jelly Roll Blues », « New Orleans Blues », « Frog-I-More Rag » et « King Porter Stomp », morceau emblématique de son style. Mélangeant le ragtime de l'époque au blues et à une concoction de rythmes latins (tresillo, habanera) qu'il dénomme son « Spanish Tinge », Morton se fait le premier arrangeur du jazz en notant sur papier ses créations avant de les jouer à sa manière caractéristique, la mélodie au pouce et l'harmonie de la main droite, alternant le rythme des deux mains.
Installé à Chicago en 1914, il publie la première composition de jazz écrite, « Jelly Roll Blues », qui fait sensation, et accompagne le chef d'orchestre William Manuel Johnson. De passage à Vancouver, au Canada, le pianiste et joueur invétéré se produit dans le club The Patricia, puis retourne à Chicago où est publié « The Wolverines », devenu « Wolverine Blues ». En 1926, Morton signe un contrat d'enregistrement avec la marque Victor. Ses titres garnis d'improvisations remuantes, diffusés sous l'appellation « Jelly Roll » Morton & His Red Hot Peppers, sont joués par tous les jeunes formations de jazz New Orleans. Établi par la suite à New York après son mariage avec la danseuse Mabel Bertrand, le musicien fréquente les solistes de la scène locale, qu'il recrute pour ses séances (Barney Bigard, Artie Shaw, Johnny Dunn, Henry « Red » Allen, Sidney Bechet, Bud Freeman, Cozy Cole, etc.).
En 1931, son contrat avec Victor n'est pas renouvelé en raison de la Grande Dépression qui continue de sévir. Morton tâte de la radio puis s'installe à Washington D.C., où il travaille dans un bar nommé Music Box ou Jungle Inn. En mai 1938, le musicologue Alan Lomax le découvre dans ce club ; il décide de l'interviewer et de l'enregistrer pour le compte de la Bibliothèque du Congrès de Washington. Ces séances sont devenues historiques. La même année, le musicien est poignardé à la poitrine lors d'une altercation avec un client. Soigné dans un hôpital réservé aux Noirs, il en ressort souffrant et physiquement très diminué mais continue d'enregistrer à New York où il revient.
Lors d'un déplacement à Los Angeles pour publier de nouveaux morceaux, il succombe à l'hôpital le 10 juillet 1941. Celui qui s'attribuait le titre d'« inventeur du jazz » avait suscité dans de jalousies dans le milieu des musiciens que son enterrement le 1er août n'attira pas grand monde, à part ses amis Kid Ory, Fred Washington, Ed Garland et Mutt Carey. Son oeuvre, elle, a continué d'être jouée par nombre d'orchestres.